Al salir de Ginebra los dos predicadores (Farel y Calvino) se dirigieron a la ciudad de Berna, la cual envió una delegación a Ginebra para tratar de resolver el asunto, pero las discusiones no llegaron a nada, por lo que Calvino y Farel decidieron tomar el rumbo hacia Basilea, a unos 200 km de allí, a la cual arribaron a fines de mayo de 1538. En una carta que Calvino envió a un amigo le daba a conocer lo difícil que fue aquel viaje: “Por fin hemos llegado a Basilea, pero empapados de lluvia, desechos y cansados; y nuestro viaje no ha estado exento de peligros, pues uno de nosotros casi fue arrastrado por la corriente al atravesar un río; sin embargo no podemos decir que los torbellinos del río nos han tratado con menos impetuosidad que nuestros feligreses.” (21)
Calvino y Farel, como eran solteros, acordaron vivir juntos. Pero muy pronto Farel recibió una invitación de urgencia para ir a la ciudad de Neuchatel que había aceptado la reforma. Calvino por su parte, habiéndose quedado solo en Basilea, fue invitado por algunos pastores de Estrasburgo a que aceptara el pastorado de una iglesia de refugiados franceses; pero Calvino estaba renuente a hacer pastor otra vez. Sin embargo, a principios de septiembre de ese mismo año recibió una carta de Martín Bucero quien, imitando a Farel, lo amenazó por su renuencia diciéndole: “Dios sabrá cómo encontrar al siervo rebelde, como encontró a Jonás.”
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