No sabemos a ciencia cuándo ni cómo fue la conversión de Calvino. Pero sí sabemos que el 1 de noviembre de 1533 ocurrió un incidente que nos muestra que se había operado un cambio drástico en sus convicciones religiosas. El rector de la Universidad de la Sorbona en París, Nicolás Cop el amigo de Calvino, pronunció un discurso en ocasión de la apertura del año académico; pero más que un discurso, era un sermón que mostraba una clara influencia tanto de Erasmo como Lutero. En este sermón, Nicolás Cop defendió la doctrina de la justificación por los méritos de Cristo, a la vez que protestó contra los ataques y persecuciones de que eran objeto los que disentían de la Iglesia de Roma: “Herejes, seductores, impostores malditos, así tienen la costumbre el mundo y los malvados de llamar a aquellos que pura y simplemente se esfuerzan en insinuar el evangelio en el alma de los fieles.” Y luego añadió: “Ojala podáis, en ese período infeliz, traer la paz a la Iglesia más bien con la palabra que con la espada.” (8)
El discurso cayó como una bomba en la Universidad y en otros sectores, a tal punto que el Parlamento inició un proceso contra él. Por otra parte, comenzó a correr el rumor de que la mano de Calvino estaba detrás de la redacción del discurso. “Si Calvino no escribió el discurso, por lo menos lo influyó en tono y contenido, que era profundamente protestante.”(9) Un mes más tarde, cuando Nicolás Cop se dirigía al Parlamento para responder el sumario que se había preparado en su contra, un amigo diputado le envió una nota advirtiéndole que debía escapar por su vida, pues el Parlamento estaba siendo presionado por la Sorbona para que fuese condenado. Es así como Calvino y Nicolás Cop deciden escapar de París. Unos 30 años más tarde, en su Comentario de los Salmos, que data de 1557, Calvino habría de referirse a su conversión en estos términos: